SRA数据库是一个非常关键的生物信息学材料， 它存储了来自全球优良几个试试室的高大通量测序数据，包括基因组学、转录组学、蛋白质组学等优良几个领域的研究研究数据。

SRA数据库简介

• 数据类型SRA数据库基本上存储原始的测序数据， 包括FASTQ格式，以及比对信息。
• 数据来源数据来自许多种高大通量测序平台， 如Roche 454、Illumina、SOLiD、Ion Torrent等。
• 数据格式通常以.fastq或.fq格式存储序列数据，以.bam或.sam格式存储比对信息。
• 数据检索Neng通过NCBI Entrez系统进行检索， 用关键词、项目编号、作者、机构等进行搜索。

SRA数据库的用

检索数据

1. 用NCBI Entrez
   • 用Entrez模块的esearchefetch和elink功NengNeng检索和下载SRA数据。 python from Bio import Entrez Entrez.email = "" query = "PRJNA257197" handle = Entrez.esearch record = Entrez.read sra_id_list = record handle.close print

下载数据

1. 用SRA Toolkit
   • SRA Toolkit是一个命令行工具，Neng用于下载SRA数据。 bash fastq-dump -I --split-files --gzip -O /path/to/output/dir SRR000001
   • -I 参数表示用索引文件， --split-files 表示将数据拆分成单独的文件，--gzip 表示压缩输出，-O 指定输出目录。

数据处理

• 下载后的数据需要进行质量控制和后续琢磨， 常用的工具包括FastQC、Trimmomatic、Bowtie2、SAMtools等。

注意事项

• 数据用许可在用SRA数据时应遵守相应的用许可和版权声明。
• 数据隐私有些数据兴许包含受护着的个人信息，用时需注意隐私护着。

SRA数据库为高大通量测序研究研究给了宝昂贵的数据材料， 对于研究研究人员掌握SRA数据的用方法至关关键。